مهمترین فصل تاریخى زندگى امام رضا علیه السّلام، جریان ولایتعهدى آن حضرت است. جریانی که به موجب آن، حضرت رضا مجبور شدند از شهر مدینه به مرو خراسان سفر کنند. پس از آنکه امام به مرو رسیدند، مأمون دستور داد تا از امام استقبال رسمى شود، بنا بر این نیروهاى مسلح با بقیه مردم براى استقبال از او خارج شدند در حالى که مأمون در صفّ مقدم استقبال کنندگان بود و با او سهل بن فضل و بقیه وزرا و مستشاران او بودند. پس از مستقر شدن امام در مرو، مأمون رسما خلافت را به امام عرضه کرد و از حضرت درخواست کرد که آن را به عهده بگیرد. اما امام کاملا از قصد مأمون آگاهى داشت؛ چرا که مأمون براى رسیدن به خلافت، برادرش امین را کشته بود و بغداد را خراب کرده بود. به همین دلیل امام رضا به او گفتند: «اگر این خلافت مال تو است جایز نیست خودت را خلع کنى و لباسى را که خدا به تو پوشانده به دیگرى بدهى، و اگر خلافت مال تو نیست، چیزى که مال تو نیست جایز نیست آن را به من بدهى.»[۴۵]

پس از نپذیرفتن خلافت توسط امام، مأمون به امام پیشنهاد ولایتعهدی را داد. اما امام این پیشنهاد مأمون را نیز نپذیرفتند. لیکن به هر روى اصرار مأمون در مسأله پذیرش ولایتعهدى از طرف امام رضا علیه السّلام توأم با تهدید قتل آن حضرت در صورت مخالفت، امام را در وضعیتى قرار داد که از پذیرفتن آن ناچار بود.[۴۶] امام انگیزه مأمون را در دیدار با او، این چنین بیان می کنند: «از این طریق تو (مأمون) مى ‌خواهى مردم بگویند که على بن موسى الرضا خود را از دنیا کنار نکشید، بلکه دنیا بود که خود را از او کنار کشید، آیا نمى‌ بینید چگونه ولیعهدى را به طمع رسیدن به خلافت قبول کرد؟».

مأمون پس از رد پیشنهاد ولایتعهدی از طرف امام رضا (علیه اسلام) عصبانی شد و به حضرت گفت: «تو همیشه مرا به کارى وادار مى‌ کنى که از انجامش متنفرم، و گویى از قدرت و شوکت من باک ندارى و خود را ایمن مى ‌دانى. به خدا قسم باید ولیعهدى را قبول کنى، یا اینکه تو را به قبول آن مجبور مى ‌کنم. تو باید این کار را بکنى وگرنه گردنت را می زنم».[۴۷]

نهایتاً امام با این شروط ولایتعهدی مأمون را پذیرفتند: امام احدى را به عنوان والى در کار دولتى منصوب نکند؛ هیچ کس را عزل نکند؛ هیچ رسمى را نقض نکند و در امور دولتى مشاورى از دور باشد.[۴۸]

ولایت‏عهدى بین امام رضا علیه السلام و مأمون در اسنادی رسمى هم نوشته شد و امام و مأمون آن را امضا کردند و بزرگان و دولتمردان شاهد آن بودند و به وسیله گروهى از مورخین نقل شده است.[۴۹] (مراجعه شود به سند ولایتعهدی امام رضا علیه السلام)

پس از آن مأمون مجلسی ترتیب داد که در آن مجلس بزرگان و درباریان و مردم با امام رضا (علیه السلام) بیعت کردند و مامون دستور داد که لباس سیاه که شعار عباسیان بود را از تن در آورده و لباس سبز بپوشند.

مأمون سپس دستور داد سکه به نام آن حضرت زدند و به مبارکى آن روز، دختر عموى اسحق بن موسى را به همسرى اسحاق درآورد و به او فرمان داد تا به عنوان امیر الحاجى با عده ای از مردم به خانه خدا مشرف شده و در هر شهرى که وارد مى ‏شود برای مردم خطبه بنام آن حضرت بخواند.[۵۰]

در زمان ولایتعهدی امام رضا (علیه السلام) اتفاقاتی به شرح زیر رخ داد:

دیدار امام با شعرای معروف زمان مانند دعبل خزاعی

بخشیدن و انفاق هر آنچه عباسیان در خراسان به حضرت رضا داده بودند به فقرا و محرومین

شورش زید بن موسی بن جعفر ملقب به زیدالنار و دستگیره شدن او. مأمون به سبب امام رضا (علیه السلام) او را بخشید.

مأمون دانشمندان دیگر ادیان را جمع مى کرد و آنگاه امام رضا علیه‌السلام را نیز برای مناظره با ایشان احضار مى کرد. آنان از امام پرسش مى کردند و آن حضرت یکى پس از دیگرى آنان را در مباحثات علمی شکست مى داد.

در سال ۲۰۱ هجری، مأمون به امام اصرار کرد تا نماز عید فطر آن سال را با مردم، ایشان بخوانند. امام به شرط خواندن نماز به شیوه رسول خدا (صلی الله علیه و آله) و امام علی (علیه اسلام) پذیرفتند. در روز عید، امام با شیوه رسول خدا راهی نماز عید شدند، درحالی که تمام مردم شهر و بزرگان کشوری و لشکری ایشان را تکبیر گویان همراهی می کردند. مامون از جمعیتی که همراه امام شده بودند، به هراس افتاد و به توصیه وزیرش سهل، امام را در نیمه راه بازگرداند.

طلب باران برای مردم با خواندن نماز باران به همراه مردم، در سالی که خشکسالی شده بود. این عمل امام، ترس مأمون و عباسیان از جایگاه امام در نزد مردم را بیشتر کرد. پس از این عمل، مأمون دادن ولایتعهدی به امام را یک اشتباه دانست و گفت: «... حال که او را ولیعهد خود کردیم و مرتکب خطایى شدیم و با بلند نمودنش، خود را مشرف بر هلاک کردیم، اکنون جایز نیست در امر او سستى به خرج دهیم و احتیاج داریم که اندک اندک فرودش آریم تا در نظر ملت جلوه دهیم که او لیاقت این امر را ندارد، سپس فکرى به حالش کنیم که بلا را از ما قطع کند و از فکرش خلاص شویم‌‌!»[۵۱]

ماجرای نماز عید فطر امام رضا(ع) در کتاب‌های حدیثی‌‌ای چون کافی و عُیونُ اَخبارِ الرِّضا گزارش شده است.[۵۷] طبق این گزراش، پس از ولایتعهدی امام رضا، مأمون از او خواست نماز عید فطر را اقامه کند؛ اما او شرطش از پذیرش ولایتعهدی، مبنی بر دخالت‌نکردن در امور خلافت را به مأمون یاد آورد و آن را نپذیرفت؛ اما پس از اصرار مأمون، امام به او گفت پس من مانند رسول خدا و امیرالمؤمنین به نماز خواهم رفت و مأمون پذیرفت.[۵۸]

صبح روز عید، امام رضا غسل کرد، عمامهٔ سفید بر سر بست و همراه با یارانش، با پای برهنه بیرون آمد و شروع به تکبیرگفتن کرد. سپس راه افتاد و مردم با او همراه شدند. هر ده قدم که برمی‌داشت می‌ایستاد و سه بار تکبیر می‌گفت. تمام شهر تحت تأثیر این رفتار امام، به گریه و ضجه افتاده بود. خبر به گوش مأمون رسید. فضل بن سهل، وزیر مأمون، به او گفت اگر رضا با این حالت به محل نماز برسد، مردم شهر با او همراه می‌شوند و برضد تو می‌شورند. مصلحت آن است که از او بخواهی تا برگردد. بدین ترتیت، مأمون کسی را نزد امام فرستاد و از او خواست برگردد. امام هم کفش‌هایش را پوشید و به خانه برگشت.[۵۹]

رسول جعفریان، تاریخ‌پژوه، این داستان را یکی از دلایل تیرگی رابطهٔ مأمون با امام رضا(ع) دانسته است.[۶۰]

درباره سابقه تاریخ حرم امام رضا (علیه‌السلام)،

مورخان و نویسندگان اقوال بسیار نقل کرده‌اند، برخی از تاریخ‌نویسان بر این عقیده‌اند که بقعه حضرت رضا (علیه‌السلام) پس از وقایع و حوادث مهم خراسان که در طول قرن‌ها به وجود آمد، در معرض تحولاتی قرار گرفت و به واسطه تاخت و تاز اقوام مختلف و لشکرکشی‌ها به سرزمین خراسان، مانند تهاجم‌های سبکتکین و غزهای ترکمان و مغول‌ها بارها به کلی ویران و سپس بازسازی گردید. [۱] [۲]

نویسندگان دیگر بر این نظرند که خرابی‌های وارده از تهاجم‌ها به گونه‌ای نبوده است که بنای بقعه را به کلی ویران کند، بلکه برخی حملات، خرابی‌هایی در قسمت فوقانی ایجاد کرده‌اند و به قسمت تحتانی دیوارها آسیبی نرسیده است، پایه‌های بقعه همان بنای اولیه است که ابتدا شالوده اصلی آن را با گل چینه ساخته‌اند و به دفعات قسمت‌هایی از دیوارهای آن مرمت شده و تزیین یافته است.

قراین و شواهد نشان می‌ دهد که نظر اخیر بیشتر مقرون به صحت است و نظریه تخریب کامل بقعه منوره دور از واقعیت است، چه اولا در ادوار مختلف گروهی از مورخان و جغرافی‌دانان و جهان‌گردان، شخصا مرقد مبارک امام (علیه‌السلام) را از نزدیک دیده و توصیف کرده‌اند. [۳] [۴]

ثانیا، آثار و سبک‌های گوناگون و فنون معماری و کاشی‌کاری قرون مختلف مانند آثار معماری غزنویان و سلاجقه و عهد تیموریان در حرم موجود است و در آخر عبارات مکتوب بر کاشی‌های نفیس و ممتاز بعضا نام بانی و تاریخ‌های ۵۱۲، ۶۱۲ و ۷۶۱ هجری نوشته شده است.

ثالثا، اگر بقعه منوره بکلی ویران شده بود، با توجه به این‌که اثری از گور هارون برجای نمی‌ ماند، بانیان و ارادتمندان به امام (علیه‌السلام) که پس از آن، اقدام به احداث مجدد بنا نمودند، می‌توانستند از نظر معماری در ساختن مجدد دیوارها به گونه‌ای عمل کنند که قبر مطهر امام (علیه‌السلام) در وسط بنای جدید واقع شود. در صورتی که وضع فعلی بقعه منوره چنین نیست و همان‌گونه است که مامون برای قبر پدرش در سال ۱۹۳ق در نظر گرفت و ده سال بعد که حضرت به شهادت رسید پیکر مقدس او را در داخل بقعه در قسمت بالاسر هارون به خاک سپردند، در نتیجه خاکسپاری پیکر مطهر حضرت، تنگنایی در محل بقعه و بالای سر مبارک به وجود آمد که تا این اواخر باقی بود و در توسعه اخیر نسبتا وسعت یافت. بنابراین، سوابق و ادله قاطع و قراین موجود در بنا نشان می‌دهد که حرم و بقعه مبارکه از قدیم‌ترین بناهای مشهدالرضا است ولی البته گنبد مطهر در طول زمان بر اثر حوادث طبیعی و تهاجم‌های وحشیانه ویرانی‌های مکرر دیده است. [۵] [۶]

در ماه محرم سال ۱۳۳۰ق هنگام تولیت مرتضی قلی‌خان نایینی مردی به نام یوسف هراتی در شهر مشهد آهنگ مخالفت با مشروطه ساز کرد و به تحریک بیگانگان جمعی از اراذل و اوباش را به دور خویش جمع کرد و آرامش شهر را بر هم زد.

در خطه خراسان مخصوصا مشهد، عده‌ای سالدات (سرباز) روس با تجهیز کامل مستقر شدند و مرکز خود را ارگ دولتی قرار دادند. طبیعی است ورود سربازان روس به منظور پشتیبانی از کسانی بود که با مشروطه‌خواهان و حکومت مشروطه سر مخالفت داشتند. در همین هنگام دو نفر دیگر به نام‌های سیدمحمد طالب الحق یزدی پسرعموی سیدضیاءالدین نخست وزیر کودتای رضاخان و نایب علی‌اکبر نیز با یوسف هراتی هم‌داستان شدند و در گوشه و کنار شهر آشکارا بر ضد مشروطه‌طلبان تبلیغ می‌کردند. کار به جایی رسید که رهگذران نیز در کوچه و بازار از تعرض کسان این اشخاص در امان نماندند. یوسف هراتی خود را سردار می‌نامید و هزرگی و بی بند و باری را به حد اعلا رسانید. طالب الحق نیز همه روزه به منبر می‌رفت و نوید و هشدار می‌داد که محمدعلی شاه به ایران آمده و در گرگان می‌باشد و ما احمد شاه پسر او را قبول نداریم، سربازان روسی که هدفشان مداخله مستقیم در امور شهر بود و اساسا به همین نیت به اشرار پر و بال داده بودند زد و خورد بین سربازان دولتی و اشرار را دستاویز قرار دادند و به نام حفظ اتباع روسیه در مقابل تجارتخانه یکی از اهالی بادکوبه که تبعه روس بود یک عده سالدات روس مستقر کردند. کسبه و اصناف که چنین دیدند بازارها را بستند و دست از کار کشیدند. روز شبنه دهم ربیع الثانی ۱۳۳۰ ه.ق مطابق با دهم فروردین ۱۲۹۰ ه.ش اعلامیه‌ای از طرف کنسولگری روس صادر شد، که اگر اشرار و متجاسرین تا دو ساعت به غروب مانده از صحن و حرم خارج نشوند و کسبه بازار به سر کارهای خود برنگردند ناگزیر به کمک قوای مسلح و گلوله‌های توپ مردم را متفرق خواهند ساخت.

چیزی نگذشت که سربازان مسلح جلو مسجد جامع و کاروانسرای بانک صف‌آرایی کردند و از آن طرف هم اشرار و آشوب‌طلبان روی پشت بام مسجد و بالای گلدسته‌ها با تفنگ جمع شدند و خود طالب الحق که سردسته آنها بود مقابل حرم مطهر مستقر گردید. سربازان روس و توپچی‌های آنان نیز از چند نقطه آماده شلیک شدند. ضرب الاجل به پایان رسید و به یکباره از چند جانب صدای غرش توپ‌ها بلند شد و گلوله‌های آتشین به طرف گنبد مطهر و صحن امام هشتم (علیه‌السلام) پرتاب گردید؛ هدف آنها به ظاهر امر متفرق کردن اوباش و در واقع انهدام قبه مبارک و نهب و غارت اموال نفیس حرم مطهر بود.
عده‌ای با مسلسل و توپ‌های سبک پیشروی کردند و حرم مطهر و ضریح حضرت را به گلوله بستند. صدای غرش توپ و شلیک نظامیان روس در همه جای شهر طنین‌انداز شد و در منازل شهر غوغایی برپا گردید. اصابت گلوله‌های توپ بر گنبد آسیب زیاد وارد کرد، در ۱۸ محل گلوله‌های توپ که مانند کله قند بود، گنبد مطهر را سوراخ کرد و به داخل گنبد افتاد و خرابی‌ها به بار آورد. پس از دو ساعت بمباران نمودن، به هنگام غروب نظامیان سواره و پیاده روس با حال تهاجم وارد صحن مقدس شدند، زوار و مردم به داخل حرم مطهر پناهنده شدند و درهای حرم را بستند.

عده‌ای از نظامیان روس به پشت بام حرم رفته از پنجره‌های گنبد و رواق‌ها به داخل حرم شلیک می‌کردند. عده‌ای از آنان وارد دارالسیاده شده از شبکه‌های پنجره نقره به داخل حرم شلیک می‌کردند و نیز دسته دیگر از شبکه‌های پنجره فولاد صحن عتیق (انقلاب) حرم مطهر را تیرباران کردند. در صحن و حرم مطهر تعداد زیادی کشته و زخمی شدند. مرتضی قلیخان متولی باشی آستان قدس رضوی بیرق سفیدی بر سر چوب بلند کرد و از قوای روس امان خواست. فرمانده روسی که چنین دید دستور آتش بس صادر کرد. سپس متولی باشی و خدام حرم و مردم نیز به جمع‌آوری کشتگان و زخمی‌ها پرداختند. مدت چهار روز این مکان مقدس در تصرف روس‌ها بود و مقدار زیادی اشیاء نفیس و قیمتی به یغما رفت. یوسف خان هراتی و طالب الحق به دست حامیان خود یعنی سالدات‌های روس کشته شدند و به کیفر اعمال خود رسیدند. [۲۹] [۳۰]

به دنبال این ویرانگری‌ها سلطان حسین میرزا نیرالدوله به استانداری خراسان تعیین شد و در سال ۱۳۳۱ق به مرمت خرابی‌ها پرداخت، هزینه تعمیر گنبد مطهر به پول رایج آن زمان که قران نقره بود، سی هزار تومان برآورد شد که بیست هزار تومان آن را نیرالدوله و ده هزار تومان مرحوم حاج میرزا محمدعلی قائم مقام التولیه رضوی پرداختند. اکنون جای چند گلوله در ایوان طلای صحن عتیق دیده می‌شود. استاد ملک الشعراء بهار به مناسبت این واقعه اشعاری تحت عنوان «توپ روس» سروده که در دیوان او آمده است. [۳۱] [۳۲]

شیخ طوسی در کتاب رجالش، نام حدود ۳۲۰ نفر را به‌عنوان اصحاب امام رضا(ع) ذکر کرده است.[۸۳] در برخی دیگر از منابع، رقم‌های دیگری در این زمینه ذکر شده است.[۸۴] محمد مهدی نجف، در کتاب اَلجامعُ لِرُواةِ اَصحابِ الامامِ الرّضا، از منابع مختلف شیعه، نام ۸۳۱ نفر را به‌عنوان راوی و اصحاب امام رضا گرد آورده است.[۸۵] برخی از اصحاب وی، به‌نقل شیخ طوسی عبارت‌اند از:

یونس بن عبدالرحمن

صفوان بن یحیی

محمد بن ابی‌عمیر

عبدالله بن مغیره

حسن بن محبوب

احمد بن ابی نصر بزنطی

حماد بن عثمان

‌ احمد بن محمد بن عیسی اشعری

اسحاق بن موسی بن جعفر(ع)

ابراهیم بن هاشم قمی

علی بن مهزیار اهوازی

زکریا بن آدم

زکریا بن ادریس اشعری قمی

دعبل خزاعی

علی بن اسماعیل میثمی

ریان بن صلت.[۸۶]

محمد بن عمر کَشّی، از رجالیان شیعه در قرن چهارم قمری، شش تن از اصحاب امام رضا(ع) را جزو اصحاب اِجماع دانسته که بدین شرح‌اند: یونس بن عبدالرحمن، صفوان بن یحیی، اِبن‌اَبی‌عُمَیر، عبدالله بن مُغَیره، حسن بن محبوب و احمد بن اَبی‌نصر بَزَنطی.[۸۷]

به‌گفته رسول جعفریان، در دورهٔ امام رضا(ع) مباحث کلامی میان مسلمانان بسیار گسترش یافته بود و میان گروه‌های مختلف فکری اختلاف‌نظر بسیار وجود داشت. خلفای عباسی هم، به‌ویژه مأمون، وارد این مباحثات می‌شدند. به همین علت، بسیاری از روایاتی که از امام رضا(ع) نقل شده در زمینهٔ کلام است که به‌صورت پرسش‌وپاسخ و یا مناظره صورت گرفته است. مباحث مربوط به امامت، توحید، صفات خدا، و جبر و اختیار از جمله این مباحث بوده است.[۹۲]

پس از آمدن امام رضا به مرو، مأمون جلسات علمی متعددی با حضور عالمان مختلف برگزار می‌کرد و از امام رضا می‌خواست که در آن‌ها شرکت کند.[۹۳] در این جلسات، امام رضا مناظراتی با عالمان ادیان و مذاهب مختلف انجام داده که متنشان در کتاب‌های حدیثی شیعه، همچون کافی نوشتهٔ کلینی، توحید و عُیونُ اَخبارِ الرِّضا نوشتهٔ شیخ صدوق و احتجاج نوشتهٔ احمد بن علی طَبرسی آمده است. برخی از این مناظرات بدین شرح‌اند:

مناظره دربارهٔ توحید؛[۹۴]

مناظره با سلیمان مَرْوزی دربارهٔ بِدا و ارادهٔ خدا؛[۹۵]

مناظره با ابوقُرّه دربارهٔ جسم‌بودن یا نبودن خدا؛[۹۶]

مناظره با جاثَلیق نصرانی دربارهٔ نبوت پیامبر اسلام(ص) و بشربودن عیسای نبی؛[۹۷]

مناظره با رأس‌الجالوت دربارهٔ نبوت پیامبر اسلام(ص)؛[۹۸]

مناظره با عالم زرتشتی دربارهٔ اثبات نبوّت حضرت موسی، حضرت عیسی و حضرت محمد(ص)؛[۹۹]

مناظره با عِمران صابی دربارهٔ وجود خدا و صفات او.[۱۰۰]

از شیخ صدوق نقل می‌کنند که هدف مأمون از برپایی این جلسات مناظره آن بود که امام رضا(ع) در تقابل با بزرگان فرقه‌های مختلف شکست بخورد و منزلت علمی و اجتماعی‌اش تضعیف شود؛ اما هرکه با امام رضا(ع) مناظره می‌کرد، در نهایت، به منزلت علمی وی اقرار می‌نمود و استدلال او را می‌پذیرفت.[۱۰۱]